Ricerca
Le cellule viventi funzionano grazie a molecole che si legano, si deformano e si spingono a vicenda. Costruisco modelli computazionali di queste molecole (dinamica molecolare atomistica, modelli coarse-grained e a rete, machine learning) per spiegare come la loro struttura determina ciò che fanno, e per prevedere cosa faranno molecole nuove.
Qui sotto trovi le domande su cui torno più spesso. Ogni pagina elenca gli articoli collegati.
Meccanica del citoscheletro
Come i microtubuli sostengono e trasmettono le forze meccaniche: dall’organizzazione dei protofilamenti all’effetto di farmaci come il taxolo sulla loro rigidità.
Anestetici su scala molecolare
Cosa fanno gli anestetici volatili a tubulina, actina e membrane lipidiche, studiato con lunghe simulazioni di dinamica molecolare.
Prevedere come si legano le molecole
Docking, dinamica molecolare e machine learning per prevedere se, quanto saldamente e per quanto tempo una molecola si lega al suo bersaglio, con modelli le cui previsioni si possano spiegare.
Recettori del gusto e molecole degli alimenti
Struttura e dinamica dei recettori del gusto amaro come TAS2R46, e strumenti computazionali che prevedono quali molecole vengono riconosciute da questi recettori.
Nanovettori e veicolazione di farmaci
Come dendrimeri e dendroni legano e trasportano farmaci fotosensibilizzanti come il rosa bengala, modellati a risoluzione atomistica e coarse-grained.
Proteine e neurodegenerazione
Dinamica conformazionale di proteine legate alle malattie neurodegenerative, come i domini MORN dell’alsina e il modo in cui si assemblano.
Data science nella ricerca clinica
Collaborazioni in cui contribuisco con analisi dei dati e machine learning a studi clinici e biomedici, dal rischio genetico agli esiti dei trapianti.