Prevedere come si legano le molecole

Perché un farmaco funzioni conta se trova il suo bersaglio, quanto saldamente vi si lega e per quanto tempo ci resta. Affronto queste domande con docking, dinamica molecolare e, sempre di più, machine learning.

Sul fronte del machine learning costruisco modelli che apprendono da rappresentazioni di proteine e piccole molecole per prevedere come interagiscono, e ai modelli a scatola nera preferisco quelli le cui previsioni si possono spiegare. Sul fronte della simulazione uso la modellistica molecolare per capire nel dettaglio i meccanismi di legame, per esempio come un singolo composto possa agire contemporaneamente su più bersagli.

Sto inoltre sviluppando LangMol, una piattaforma integrata di modellistica molecolare costruita attorno a modelli di intelligenza artificiale, che riunisce questi strumenti: progettazione di molecole guidata da modelli linguistici, modellistica delle proteine, docking e previsione di legame e affinità.